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En raison des désordres que connaît la Corse, au XIe siècle, le pape accorde à l'évêque de Pise l'investiture des évêques corses et les Pisans commencent deux siècles de domination sur l'île. Sous le gouvernement des juges et des seigneurs pisans, des constructions sont édifiées (églises, ponts, etc.). Mais, Pise perd la protection pontificale et des rivalités internes l'affaiblissent. Gênes entre alors en conflit contre son ancien allié dans la lutte contre les Sarrasins. En 1284, à la bataille navale de Meloria, la flotte pisane est détruite. Plusieurs campagnes de Gênes (1289-1290) lui rallient les féodaux, alors que les Pisans renoncent à la Corse. La trêve signée par Pise en juillet 1299 accorde la domination totale de l'île par Gênes. Celle-ci devient génoise pour six siècles, en dépit du Saint-Siège, qui tente en 1297 de confier la direction de la Corse à la maison d'Aragon (Royaume de Sardaigne et de Corse). Les Génois doivent cependant défendre leur nouvelle conquête face aux menaces des Sarrasins (les tours qui ceinturent l'île sont construites plus tard dans ce but), des Aragonais, installés en Sardaigne, des Français, pour qui la Corse est un avant-poste contre l'Espagne. Mais Gênes fonde sa conquête sur sa puissance bancaire.

Gênes partage l'île en dix provinces, elles-mêmes divisées en pièves (les soixante-six pièves reprises du système féodal). Les Génois construisent (urbanisation : Bastia devient siège du Gouverneur, ponts, routes, etc.), développent les vergers, importent de Corse vins, huiles, bois, huîtres, poix, mais imposent lourdement la Corse et s'assurent la quasi-exclusivité du commerce avec l'île. La langue et certains usages (religieux notamment) corses sont grandement influencés par l'occupant.

En 1297, le pape Boniface VIII tente de réaffirmer son autorité sur la Corse et la Sardaigne en y investissant Jacques II, roi d'Aragon, et en 1305, le pape Clément V renouvelle cette tentative. Les Aragonais ne s'attaquent qu'à la Sardaigne pisane, dans un premier temps. Les Génois, craignant de voir la Corse envahie, s'allie aux Pisans pour lutter contre les Aragonais en Sardaigne. Mais bientôt, Jacques II renonce à ses droits sur la Corse en échange de la paix en Sardaigne, et s'y installe. Cependant, en 1346, les troupes du roi d'Aragon Pierre IV débarquent vers Bonifacio, et une guerre éclate entre les Génois et les Aragonais et leurs alliés Vénitiens. Gênes sort victorieuse du conflit mais doit alors faire face à la montée de la puissance de la noblesse corse.

La rivalité entre les féodaux corses, les clans génois et le pape Eugène IV se conclut en 1453 par la session du gouvernement de l'île à une banque, l'Office de Saint Georges. L'Office bâtit de nouvelles tours sur le littoral ainsi que des villes fortifiées : Ajaccio (1492), Porto-Vecchio (1539).

En 1553, les Corses, menés par Sampiero Corso, alliés aux Français et aux Turcs, entament une révolution qui prend Gênes par surprise. Bastia tombe en quelques heures, Corte se rend sans combattre, Saint-Florent et Ajaccio ouvrent leur porte aux révolutionnaires. Bonifacio et Calvi, peuplées de Ligures fidèles aux Génois, résistent à l'abri de leur citadelle. La première tombe, la seconde n'est jamais conquise. L'amiral génois Andrea Doria contre-attaque avec une armada face aux Français, qui ont dégarni la Corse après la victoire et le retrait de leurs alliés turcs. Le général français De Thermes voit les villes tomber tour à tour : Bastia tient huit jours, Saint-Florent résiste trois mois. Sampiero récupère Corte et Vescovato. La Guerre de Corse s'enlise en guerre d'usure : De Thermes et Sampiero sont écartés par la France au profit du général Giordanno Orsini. Le moral des Corses révoltés est entretenu par une suite de guérillas, malgré des représailles jusqu'à la trêve de Vaucelles (5 février 1556), quand Henri II de France rend à Gênes certaines places fortes. Les Génois ne reprennent possession de l'île toute entière qu'avec le traité de Cateau-Cambrésis (3 avril 1559).

L'Office de Saint Georges, qui reprend le commandement de la Corse, impose une série de mesures jugées dictatoriale. La révolte du peuple corse repart lors du débarquement de Sampiero, aidé par Catherine de Médicis, au golfe de Valinco (12 juin 1564). Les insurgés reconquièrent l'intérieur de l'île, laissant les villes côtières aux Génois. Malgré les renforts envoyés rapidement, Gênes n'inflige aucune défaite décisive à Sampiero. Des villages sont détruits, Cervione brûlé, mais Corte se rend aux insurgés. La République doit faire appel aux Espagnols pour reprendre certaines places (1566), tandis que les renforts envoyés par la France à Sampiero s'avèrent inefficaces. Après nombre de trahisons et de désertions dans les rangs insurgés, Sampiero est tué près de Cauro (guet-apens d'Eccica-Suarella, 17 janvier 1567). Son fils de 18 ans ne continue la lutte que deux ans avant de s'exiler en France (1er avril 1569).

La République de Gênes exploite le Royaume de Corse comme une colonie, moyennant des droits à payer à l'Office de Saint Georges. L'administration est réorganisée autour de paroisses démocratiques, une crise ravage l'économie, Calvi et Bonifacio bénéficient de franchises et d'exemption pour leur fidélité aux Ligures, le gouverneur de la colonie instaure un système juridique corrompu. Les Statuts (décembre 1571) garantissent un minimum de justice et le Syndicat défend, pour un temps, les autochtones. Le maquis devient le refuge des condamnés par contumace, mais l'insécurité est réduite par une redevance sur les ports d'armes. Les impôts comme le commerce sont iniques et les Génois se réservent des monopoles. Après 1638, une nouvelle politique économique est alors instaurée : plantation d'arbres et de vignes, accroissement du cheptel, etc. mais aucun Corse ne peut accéder à la propriété. Les bergers corses sont chassés peu à peu des plaines, les autochtones grondent. En 1729, éclate la Guerre d'Indépendance.

Émeutes de 1729

Les émeutes spontanées de 1729 éclatent suite à l'incident de Bustanico, à savoir le prélèvement des impôts par le gouverneur en dépit de la décision de Gênes d'arrêter leur levée. Elles se cristallisent sur le refus de l'impôt, mais les causes profondes sont multiples : la pression fiscale en général, taille et gabelle jugées excessives pour le contexte économique de crise ; mais aussi, les abus des percepteurs génois envers les Corses ; et enfin, l'insécurité exacerbée par la disette, due à des bandits isolés ou à des bandes audacieuses. Cette troisième raison entraîne la demande de rétablissement du port d'armes, dans un souci traditionnel en Corse d'assurer soi-même sa propre sécurité et de se faire sa propre justice. Gênes interprète cette revendication comme un refus de payer l'impôt de deux seini.

Les premières émeutes démarrent en novembre 1729, dans la région du Bozio. La rébellion s'étend par la suite à la Castagniccia, la Casinca, puis le Niolo. Saint-Florent et Algajola sont alors attaquées, Bastia mise à sac en février 1730, et en décembre de cette même année, lors de la consulte de Saint-Pancrate, la Corse élit ses généraux : Luigi Giafferi, Andrea Ceccaldi et l'abbé Raffaelli. Gênes fait alors appel aux troupes de l'empereur Charles IV. Cette intervention impériale de 1731 est repoussée une première fois mais quelques semaines plus tard, de puissants renforts viennent à bout des rebelles. En juin 1733, Gênes accorde au peuple corse certaines concessions garanties par l'Empereur, mais jugées insuffisantes dans l'île. La rébellion reprend quelques mois plus tard, sous le commandement cette fois de Hyacinthe Paoli, le père de Pasquale.

En 1737, par la convention de Versailles, la France s'engage à intervenir en Corse si Gênes en fait la demande.

Lors de la première intervention, de 1738 à 1741, les troupes françaises, alors alliées à Gênes, débarquent en Corse, où elles sont vaincues à Borgo le 13 décembre 1739. Quatre mois plus tard, le gouvernement français envoie sur l'île des renforts commandés par le marquis de Maillebois, qui obtient la reddition des insurgés en juillet 1740. S'ensuit le départ en exil des chefs de cette rébellion, notamment Giafferi et Hyacinthe Paoli, qui emmène avec lui son fils, Pascal.

En 1745, une coalition anglo-austro-sarde, opposée aux Français, aux Espagnols et aux Génois dans la guerre de succession d'Autriche s'empare de Bastia, avec l'aide de Rivarola, alors chef d'une faction corse. La deuxième intervention française de 1746 permit à Gênes de reprendre la ville, grâce à une discorde entre les chefs Rivarola, Gaffori et Matra. En 1748, Bastia est attaquée par la même coalition, appuyée par les insulaires, mais les assiégeants doivent se retirer avec la paix d'Aix-la-Chapelle.

À partir de 1748, l'île est administrée, pour le compte de Gênes, par le marquis de Cursay. En octobre 1752, les patriotes corses rejettent les règlements proposés par Cursay et adoptent un nouveau système de gouvernement sous le commandement de Gaffori. Cursay est renvoyé en décembre de la même année. Un an plus tard, Gaffori est assassiné. Il s'établit alors une régence présidée par Clémente Paoli, qui rappelle Pascal Paoli en Corse. Le 14 juillet 1755, ce dernier est élu général en chef de Corse à la consulte du couvent Saint-Antoine de la Casabianca d'Orezza. En novembre, sa constitution est adoptée par une consulte de Corte : elle prévoit la séparation des pouvoirs et le vote des femmes. Considérée comme la première constitution démocratique des Temps Modernes, Jean-Jacques Rousseau, Voltaire, James Boswell et de nombreux penseurs des Lumières en présentent les mérites.

En 1757, les Matra, appuyés par Gênes, Colonna de Bozzi, allié de la France, soulève une révolte. Pascal Paoli, alors élu général de la Nation, les écrase. Il crée une marine qui lui permet de soumettre le Cap Corse en 1761 et de s'emparer de Capraia en 1767, mais échoue cependant dans sa tentative de prendre d'assaut les villes côtières génoises.

En 1756, les Français signent le traité de Compiègne qui accorde à Gênes des subsides et des troupes pour occuper Ajaccio, Calvi et Saint-Florent jusqu'en mars 1759. En 1758, Pascal Paoli fonde l'Île-Rousse. Quatre ans plus tard, il fait adopter le drapeau à la tête de Maure et crée une monnaie. Le 6 août 1764 est signé le second traité de Compiègne. Les troupes françaises s'engagent alors à tenir garnison dans les trois villes déjà occupées ainsi qu'à Bastia et à Algajola pendant quatre ans. En 1765, Corte devient la capitale de la Corse, et une université y est créée.

Bien que Pascal Paoli continue à correspondre avec le duc de Choiseul dans l'espoir d'assurer l'indépendance de la Corse, le 5 mai 1768, par le traité de Versailles, Gênes cède à la France la souveraineté sur l'île.

En juillet 1768, suite au traité de Versailles, la France prend possession de la Corse. Les troupes françaises occupent le Cap Corse, et un mois plus tard, le marquis de Chauvelin débarque avec de nombreuses troupes sous son commandement. Les Français sont vaincus à Borgo en octobre. Mais, au printemps 1769, le comte de Vaux débarque avec 24 000 hommes et bat les patriotes le 8 mai à Ponte Novu.

Pascal Paoli quitte la Corse le 13 juin 1769. Napoléon Bonaparte naît un mois plus tard (le 15 août 1769). En 1774, les nationalistes se révoltent, mais sont réprimés dans le Niolo. C'est le début d'une longue série d'amnisties (1776), dont Paoli, alors à Londres, refuse de profiter.

La Corse est gouvernée par Marbeuf et devient pays d'États. Les États de Corse, assemblés et composés de 23 députés de chacun des trois ordres, choisis par élection indirecte, se réunissent huit fois entre 1770 et 1785. L'assemblée n'a qu'un rôle consultatif : toute décision dépend des commissaires du roi, l'intendant et le commandant en chef. L'administration confie peu de postes aux Corses sauf dans les échelons subalternes de la magistrature. L'administration des communes reste toutefois aux mains des autochtones. L'ordre de la noblesse est créé, des titres sont accordés à plus de 80 familles (parmi lesquelles les Bonaparte). Les nobles ne bénéficient pas de privilèges féodaux, mais peuvent obtenir divers avantages : concessions de terres, places d'officiers dans des régiments formés pour les Corses, bourses pour leurs enfants dans des geôles du continent.

Les tentatives de développement agricole et industriel sont peu efficaces. Les impôts directs, perçus dès 1778 en nature, pèsent surtout sur les pauvres. Les premières routes sont construites (de Bastia à Saint-Florent, et de Bastia à Corte) et le plan Terrier est mis en œuvre. Les recensements démontrent un accroissement continu de la population. En 1789, alors que la Révolution éclate en France, l'Assemblée nationale, incitée par une lettre d'un comité patriotique de Bastia, décrète que la Corse est désormais partie intégrante de la monarchie française. Les Corses exilés sont alors autorisés à rentrer en France. Le 15 janvier 1790, la Corse devient un département avec Bastia comme chef-lieu et siège de l'unique évêché.