Le 30 novembre 1938, l'Italie fasciste prétend annexer Nice, la Savoie et la Corse. Le célèbre et pathétique serment de Bastia du 4 décembre 1938, prononcé par Jean Baptiste Ferracci devant 20 000 personnes lui répond en réaffirmant l'attachement de la Corse à la France et le rejet de l'irrédentisme mussolinien : « face au monde, de toute notre âme, sur nos gloires, sur nos tombes, sur nos berceaux, nous jurons de vivre et de mourir français.» Dés le lendemain des comités antifascistes sont créés à Ajaccio et Bastia. À Paris les étudiants corses défilent aux cris de La Corse contre le fascisme !, À mort Mussolini !. Après la défaite et l'armistice du 22 juin 1940, la Corse est rattachée à la zone libre jusqu'en 1942. L'autorité du Régime de Vichy se met en place et la propagande irrédentiste s'amplifie. Deux réseaux de résistance essaient de s'organiser :
* le Front National créé par Henri Maillot et Arthur Giovonni, proche du parti communiste ;
* le réseau R2 Corse, en liaison avec les Français libres du Général De Gaulle et dirigé par Fred Scamaroni. Ce dernier établit les premiers contacts avec Londres dès 1941. Dans sa tentative d'unification des mouvements, il est capturé, torturé et se suicide le 19 mars 1943.
L'unification sera menée à bien par Paulin Colonna d'Istria.
A la suite du débarquement américain en Afrique du Nord, l'Allemagne occupe le 11 novembre 1942 la zone libre, rompant l'armistice de 1940. Le même jour, les troupes italiennes occupent la Corse, à raison de 85 000 soldats pour 220 000 habitants. En juin 1943, s'y joindront 12000 Allemands. Un occupant pour deux habitants, jusque dans le moindre village, réquisitionnent des maisons et une partie du ravitaillement. Le 14 novembre, le préfet rappelle la souveraineté française et qualifie les troupes d'opération de troupes d'occupation.
La contre-propagande active (tracts sur ronéo, journaux clandestins) apporte le soutien de la population, ce qui permet à certains patriotes de se cacher dans le maquis. À partir du printemps 1943, la résistance est aidée depuis Alger par la France libre : de l'armement est acheminé par parachutage et par les missions du sous-marin Casabianca. Attentats et coups de mains contre les Italiens engendrent arrestations et exécutions (notamment Jules Mondoloni, Jean Nicoli, etc.).
Le 3 septembre, un armistice, rendu public le 8, est signé entre l'Italie et les Anglo-Américains. Les Allemands se renforcent à Bastia pour assurer l'évacuation vers l'Italie de leurs troupes de Sardaigne, en remontant la Corse de Bonifacio à Bastia. Le 8 septembre 1943, les Corses se soulèvent. Le commandant Colonna d'Istria envoie un ultimatum au général Magli commandant les troupes d'occupation italiennes en Corse, le sommant de choisir son camp. Ce dernier, après quelques hésitations, choisira définitivement le camp des alliés à partir du 11. Le Comité de libération occupe la préfecture d'Ajaccio et contraint le préfet de Vichy de signer le ralliement de la Corse à la France Libre. A Bastia, les Italiens ouvrent le feu contre des avions et des navires allemands. Le 9, les résistants corses, appuyés par les divisions italiennes Cremona et Friuli, neutralisent les éléments fascistes. A partir du 11, le général Giraud envoie de son propre chef des bataillons de choc commandés par Gambiez augmentés de renfort reposant sur plusieurs milliers de goumiers et tirailleurs marocains. Il en informe le CFLN qui est réservé sur cette initiative, craignant le noyautage de l'île par les communistes du mouvement Front National. Le général Giraud paiera son appui à l'insurrection de la perte de la co-présidence du CFLN. Le 17, le général Henry Martin rencontre le général italien Magli à Corte afin de coordonner les mouvements des troupes alliées et italiennes. Le 21, Giraud arrive en Corse. Sartène est définitivement libérée le 22. Le 23, les troupes de chocs et les patriotes atteignent Porto-Vecchio. Les troupes marocaines joueront un rôle déterminant en prenant le col de San Stefano le 30 septembre puis le col de Teghime le 3 octobre[1]. Ils rejoignent ensuite les patriotes pour harceler les troupes allemandes le long de la plaine orientale. Ces dernières détruisent ponts routiers et chemin de fer pour protéger leur retraite et, dans la nuit du 3 au 4 octobre, évacuent Bastia. A 5 heures du matin, le capitaine Then entre dans Bastia, à la tête du 73ème goum du 6ème tabor. Le 5 octobre, la Corse est le quatrième département français libéré (après ceux d'ALGER-ORAN-CONSTANTINE), et ce par l'action des patriotes corses, des italiens et des éléments de l'Armée d'Afrique, sans intervention des Anglo-américains, qui, à la même époque, débarquent en Italie. La Corse recevra la visite du général de Gaulle le 8 octobre. L'île devient une base pour la poursuite des opérations en Italie puis pour le débarquement en Provence (août 1944).